\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{xeCJK}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
直接将 \verb"\footnote" 放入公式中，\verb"$$" 的：
$$f(x)=ax^2+bx+c\footnote{这是二次函数}$$
\verb"\[\]" 的：
\[f(x)=ax^2+bx+c\footnote{这还是二次函数}\]
\verb"equation" 的：
\begin{equation}
f(x)=ax^2+bx+c\footnote{这还还是二次函数}
\end{equation}

\verb"align" 的要复杂些，
要用到 \verb"\footnotemark" 和 \verb"\footnotetext"：
\begin{align}
f(x)&=ax^2+bx+c\footnotemark\\
&=a(x-x_1)(x-x_2)
\end{align}

\footnotetext{这依然还是二次函数}

就是酱紫。
\end{document}